W przeciwieństwie do kończących się rozgrywek, w których aż trzy kolejki rundy rewanżowej odbyły się jesienią, w sezonie 2012/2013 po 17 kolejek zostanie rozegranych zarówno jesienią, jak i wiosną. Pierwsza część sezonu zakończy się 17 listopada, a po zimowej przerwie piłkarze powrócą na boiska 9 marca 2013. Koniec rozgrywek nastąpi 8 czerwca 2013.

Dwie kolejki rundy jesiennej odbędą się w środy (z czego jedna w święto 15 sierpnia), a wiosną na środek tygodnia zaplanowano rozegranie trzech kolejek.

Jeszcze przed rozpoczęciem rozgrywek II ligi, piłkarze Zagłębia będą mogli rozegrać trzy mecze w Pucharze Polski. Runda przedwstępna odbędzie się 18 lipca, runda wstępna 25 lipca (obie rundy z udziałem II-ligowców z sezonu 2011/2012 oraz zwycięzców okręgowych Pucharów Polski), a na 1 sierpnia zaplanowano 1/32 finału PP (do gry dołączą pierwszoligowcy z sezonu 2011/2012)

Terminarz sezonu 2012/2013

Runda jesienna:

4 sierpnia - 1. kolejka
15 sierpnia (środa) - 2. kolejka 
18 sierpnia - 3. kolejka 
25 sierpnia - 4. kolejka 
1 września - 5. kolejka
8 września - 6. kolejka
15 września - 7. kolejka 
19 września (środa) - 8. kolejka
22 września - 9. kolejka
29 września - 10. kolejka
6 października - 11. kolejka
13 października - 12. kolejka
20 października - 13. kolejka 
27 października - 14. kolejka 
3 listopada - 15. kolejka
10 listopada - 16. kolejka 
17 listopada - 17. kolejka

Runda wiosenna:

9 marca - 18. kolejka
16 marca - 19. kolejka
23 marca - 20. kolejka
30 marca - 21. kolejka 
6 kwietnia - 22. kolejka
13 kwietnia - 23. kolejka 
20 kwietnia - 24. kolejka 
24 kwietnia (środa) - 25. kolejka 
27 kwietnia - 26. kolejka
4 maja - 27. kolejka
8 maja (środa) - 28. kolejka 
11 maja - 29. kolejka 
18 maja - 30. kolejka 
25 maja - 31. kolejka 
29 maja (środa) - 32. kolejka 
1 czerwca - 33. kolejka
8 czerwca - 34. kolejka

Puchar Polski 2012/2013:

18 lipca - runda przedwstępna
25 lipca - runda wstępna
31 lipca-1 sierpnia - 1/32 finału
4-5 sierpnia - 1/16 finału (mecze z udziałem Śląska Wrocław i Legii Warszawa)
11 sierpnia - 1/16 finału (pozostałe mecze)
25-27 września - 1/8 finału (I część)
2-4 października - 1/8 finału (II część)
23-24 października - 1/4 finału - pierwsze mecze (I część)
30-31 października - 1/4 finału - pierwsze mecze (II część)
20-21 listopada - 1/4 finału - mecze rewanżowe (I część)
27-28 listopada - 1/4 finału - mecze rewanżowe (II część)
9-10 kwietnia - 1/2 finału - pierwsze mecze
16-17 kwietnia - 1/2 finału - mecze rewanżowe
3 maja - finał