Wojciech Łobodziński urodził się 20 października 1982 w Bydgoszczy i w tamtejszym Zawiszy rozpoczynał piłkarską karierę. Następnie grał w Stomilu Olsztyn, Wiśle Płock, Zagłębiu Lubin, Wiśle Kraków, Łódzkim Klubie Sportowym i Miedzi Legnica. Jako piłkarz czterokrotnie zdobył mistrzostwo Polski i rozegrał 23 mecze w reprezentacji Polski, z którą występował na Mistrzostwach Europy w 2008 w roku. 

W sezonie 2019/2010 Wojciech Łobodziński pełnił funkcję grającego asystenta trenera w III-ligowych rezerwach Miedzi Legnica, a w sezonie 2020/2021 został asystentem trenera Jarosław Skrobacza w pierwszym zespole Miedzi. Pod koniec tego sezonu Wojciech Łobodziński przejął drugi zespół Miedzi, a od początku sezonu 2021/2022 został pierwszym trenerem I-ligowej Miedzi, z którą awansował do Ekstraklasy. 

Po dwunastu kolejkach sezonu 2022/2023 został zwolniony z legnickiego klubu i pozostawał bez pracy do marca 2023, gdy objął III-ligową Wieczystą Kraków. Z krakowskim zespołem nie udało mu się wywalczyć awansu do II ligi i od początku sezonu 2023/2024 przeniósł się do I-ligowej Arki Gdynia, z którą był bliski awansu do Ekstraklasy, ale ostatecznie przegrał dwa najważniejsze mecze w sezonie - w ostatniej kolejce sezonu zasadniczego w Gdyni wygrał GKS Katowice, a w finale barażów lepszy był Motor Lublin i to te zespoły kosztem Arki awansowały do elity.

Mimo nieudanego finiszu rozgrywek Wojciech Łobodziński utrzymał posadę w Gdyni, ale na krótko, bo został zwolniony już po siedmiu kolejkach sezonu 2024/2025. Wiosną poprzedniego sezonu powrócił do Miedzi Legnica i tam powtórzyła się sytuacja sprzed dwunastu miesięcy - po porażce w finale barażów z Wisłą Płock Wojciech Łobodziński pozostał na stanowisku i zostal zwolniony po trzech porażkach w sezonie 2025/2026.