Dariusz Dudek po raz pierwszy objął stanowisko pierwszego trenera sosnowiczan 21 sierpnia 2017, gdy zastąpił Dariusza Banasika. Pod jego wodzą Zagłębie w pewnym momencie znalazło się nawet w strefie spadkowej I ligi, ale dzięki świetnej grze w rundzie wiosennej, a zwłaszcza serii sześciu kolejnych wygranych, sosnowiczanie zajęli w końcowej tabeli drugie miejsce i awansowali do Ekstraklasy.

Dariusz Dudek po raz pierwszy został zwolniony po jedenastu kolejkach sezonu 2018/2019, w których Zagłębie odniosło tylko jedno zwycięstwo (3:0 z Pogonią Szczecin), a do tego odpadło z Pucharu Polski z II-ligową Olimpią Grudziądz. Ostatnim meczem sosnowiczan pod wodzą Dudka było rozegrane 6 października 2018 spotkanie w Gdańsku zakończone porażką 1:4. Były szkoleniowiec Zagłębia nie pozostawał długo bez pracy, bo jeszcze w rundzie jesiennej znalazł zatrudnienie w I-ligowym GKS-ie Katowice, z którym na koniec sezonu spadł do II ligi i został zwolniony.

Pierwszy powrót Dariusza Dudka do Zagłębia miał miejsce 30 września 2019. Zastąpił on wówczas Radosława Mroczkowskiego. Zwolniony został 28 kwietnia 2019, w czasie gdy ligowe rozgrywki ze względu na pandemię zostały zawieszone. "Głównym powodem decyzji Klubu są rozbieżności finansowe pomiędzy stronami tak duże, by nie podejmować negocjacji. Jednocześnie zarząd wraz z pionem sportowym uznał, że wyjątkowe okoliczności spowodowane pandemią zostaną wykorzystane na pracę z nowym szkoleniowcem" - tak głosił komunikat opublikowany wówczas przez klub.

Trener nie zgodził się z decyzją prezesa Marcina Jaroszewskiego i oddał sprawę do sądu. W listopadzie 2020 Dariusz Dudek przejął Sandecję Nowy Sącz. Zajmowała ona wówczas ostatnie miejsce z dorobkiem jednego punktu. Dudek wyprowadził sądeczan ze strefy spadkowej i na koniec sezonu zajął 10. miejsce. W kwietniu 2021 po meczu Sandecji z Zagłębiem mówi na konferencji prasowej: - Jest mi po prostu przykro, jak czasami w tym klubie traktuje się ludzi takich jak ja. Uważam, ze dużo zrobiłem dla Zagłębia i nawet nie mówię tutaj o awansie, ale o tej drugiej przygodzie tam, gdy przejmowałem klub w trudnej sytuacji, byli na 15. miejscu, a zostawiłem ich na 9. Jestem smutny, że muszę się z Zagłębiem włóczyć po sądach.

W sezonie 2021/2022 Sandecja, której stadion był wtedy w remoncie i mecze u siebie grała albo przy pustych trybunach, albo poza Nowym Sączem, zajęła w lidze 7. miejsce ze stratą zaledwie trzech punktów do strefy barażowej. W sezon 2022/2023 Sandecja nie weszła najlepiej, nie wygrała żadnego z pierwszych ośmiu meczów i 1 września 2022 Dariusz Dudek został zwolniony z nowosądeckiego klubu.

Dariusz Dudek łącznie prowadził Zagłębie w 52 meczach ligowych (41 w I lidze i 11 w Ekstraklasie). Pod jego wodzą Zagłębie triumfowało 22 razy, 13 razy zremisowało i doznało 17 porażek.